Hombre apasionado, clérigo severo y político audaz. Vida intensa, entrenada desde joven en la conspiración palaciega; sus sotanas fueron odiadas y temidas en el ajedrez de la política peruana.
La familia Luna Pizarro dispuso que su hijo Francisco Xavier se preparase para ejercer el sacerdocio, lo cual se facilitó cuando fue admitido en el seminario de San Jerónimo. El joven arequipeño ingresó al centro de estudios, cuando apenas tenía once años, en una época de reformas al interior del seminario, dirigido por el obispo español Pedro José Chávez de la Rosa (1741-1819), quien dispuso un novedoso reglamento de funciones y presentó un renovado plan de estudios (Gramática Latina, Filosofía, Derecho Natural y de Gentes, Matemáticas, Lógica, Ontología, Física, Ética, Teología, Disciplina Eclesiástica, Práctica Interna), e hizo traer, desde la madre patria, su biblioteca personal para ponerla al servicio de los estudiantes, que incluía obras de Rousseau, Voltaire y Locke.
Luna Pizarro destacó como uno de los más aplicados alumnos del Seminario, recibiendo el reconocimiento del exigente rector, quien le facilitó las prácticas forenses con el diestro abogado mistiano Evaristo Gómez Sánchez. Simultáneamente, se dedicó a la enseñanza de Filosofía en el seminario.
Después de recibirse de abogado accedió a sus ansiadas órdenes mayores en 1806, asumiendo seguidamente los importantes cargos de pro secretario del obispo y vicerrector del seminario.
En 1809, a solicitud de su maestro, el obispo Chávez de la Rosa, aceptó acompañarlo como asistente a España. En Europa, el joven sacerdote vivió de cerca la crisis política española, fue testigo de la invasión napoleónica y del período de resistencia nacional desarrollado por el pueblo español. Siguió con entusiasmo las sesiones de las Cortes de Cádiz, donde un sector de los criollos, influido por el liberalismo, pugnaba por la autonomía de “las colonias de Indios”.
Retornó al Perú en 1812, encontrando a Lima convertida en un hervidero de pugnas entre separatistas y fidelistas. Sin embargo, esta primera experiencia liberal, pronto fue cancelada con el retorno del absolutismo de Fernando VII a la corona española. Aprovechando su doble condición de académico y clérigo, Luna Pizarro solicitó formalmente que el temido Tribunal de la Santa Inquisición le autorizase a leer “libros prohibidos”, pedido que fue elevado a la propia matriz de Madrid, que finalmente contestó accediendo a la solicitud, con la sola excepción de prohibir expresamente la lectura de obras de Nicolás Maquiavelo. No sabemos si Luna Pizarro cumpliera estrictamente esta censura, en todo caso el clérigo demostrará que en el arte de la política fue un aplicado discípulo del autor de El Príncipe.
Su prestigio creció en los medios académicos, hasta ese entonces hegemonizados por la Iglesia Católica. A petición de los profesores de la Facultad de Medicina de San Fernando, se le nombró rector de dicho centro académico en 1819. Entre los círculos de conspiradores, su nombre era ampliamente conocido, no obstante las autoridades coloniales, por su prestigio, se abstuvieron de tomar medidas contra el alto funcionario eclesiástico.
Al producirse el desembarco de la Expedición Libertadora de San Martín y su ingreso a Lima, el clérigo, conjuntamente con otros civiles, firma las primeras proclamas de respaldo al ejército sanmartiniano. Por la alta estima ganada, se le incorporó a la denominada Junta Purificadora, que era una especie de comité evaluador del comportamiento político de los curas, en la etapa separatista.
Dando inicio a su agitada etapa de político republicano, fue elegido diputado por Arequipa al primer Congreso Constituyente, así mismo, se le eligió presidente de dicha asamblea. Con tales cargos formó parte de su comité de redacción principal, integrado por Rodríguez de Mendoza, Unánue, Larrea, Olmedo, Figuerola, Pérez de Tudela, Sánchez Carrión, Mariátegui y Arce. No obstante, los esfuerzos realizados por el clérigo arequipeño en pro de mantener la estabilidad política del flamante Estado, el “Motín de Balconcillo”, dirigido por el coronel de milicias José de la Riva Agüero, frustró este primer intento de institucionalizar la flamante República. Luna Pizarro se vio obligado a emigrar a Chile, donde permaneció hasta que logró consolidarse la independencia, tras la Batalla de Ayacucho en 1824.
Fue uno de los que pidió la presencia de Simón Bolívar en el Perú, empero, sus reuniones constantes y reservadas crearon recelos en el Libertador que, en algún momento de tensión, llegó a hablar de la “conspiración pizarruna” para referirse al activo clérigo, quien se opuso en forma decidida a la Constitución Vitalicia (1826), siendo, por ese motivo, alejado del país. Desde su exilio chileno, mantuvo una tenaz oposición al régimen del Libertador.
Alejada la influencia bolivariana, retornó al Perú. Lleno de ímpetu, postuló como diputado al Congreso Constituyente de 1827, siendo elegido en forma abrumadora por sus paisanos. Al interior de la asamblea, no solo sobresalió como componedor, sino como jefe ideológico de los liberales, afirmando que la mejor forma de gobierno era la unitaria, respondiendo a los federalistas, quienes ya habían perdido a su gran ideólogo José Faustino Sánchez Carrión: “No sé si algún proponiente ha recordado la doctrina de Destur-Tracy, que en política puede pasar por un axioma: Un Estado gana en fuerza juntándose a otros, pero aún ganaría mucho más formándose con ellos en un solo Estado; y pierde subdividiéndose en muchas partes, aunque queden estrechamente unidas. Es preciso convenir en que el sistema federal, siendo muy complicado, debe ser débil, y por consiguiente poco favorable en los conflictos de una guerra, en especial si ésta acaece cuando se ha entablado aquél sólidamente, y el espíritu público se haya por formar. Sumando otros argumentos contra el federalismo, como el creciente burocratismo: El gobierno federal demanda un gran tren en funcionarios para el desempeño de los tres poderes ¿provinciales?” (Luna Pizarro: Escritos políticos, Lima, UNMSM, 1959: 189-190).
Estuvo detrás de la elección de La Mar como Presidente; cuando cayó éste, en 1829, por la conspiración del militarismo comandado por Agustín Gamarra, corrió la suerte del mandatario depuesto: fue desterrado. Sucedidos otros gobiernos, retornó a la patria para reincorporarse a sus ajetreos políticos. Nuevamente fue elegido a la asamblea que debía reformar la Constitución liberal de 1828, estuvo entre los que promovieron la elección del general José Luis de Orbegoso como presidente del Perú, que generó mayor inestabilidad y cruentas luchas entre los denominados “Generales de Ayacucho”, por hacerse de la banda presidencial, que en los primeros años de la República se hizo en muy pocos casos sin la bendición del clérigo arequipeño.
Esta preponderancia le ganó numerosas enemistades; alegando la necesidad de consagrarse a su oficio religioso, prometió retirarse de las diligencias civiles. Fue designado obispo auxiliar de Lima, llegando a ocupar el titularato de tan alto cargo eclesiástico en 1846.
Como alto funcionario religioso, fue drástico para sancionar las disidencias a los dogmas vaticanos, como las del clérigo tacneño Francisco de Paula Gonzáles Vigil (1792-1875), excomulgado por Pío XI, y con quien en algún momento lo ligarán afinidades doctrinarias y varias conspiraciones políticas.
A pesar de sus promesas –hasta el fin de sus días-, se mantuvo al tanto de los acontecimientos políticos, recibiendo discretas visitas de personajes públicos que acudían en busca de sus consejos terrenales y sus bendiciones públicas.