Uno de los pocos filósofos originales y rigurosos que haya producido el Perú. Hizo sus primeros estudios en el colegio San Agustín, donde se le inculcó el ius naturalismo, como forma vital de conocimiento.
Pasó a estudiar Filosofía en la Universidad de San Marcos (1945- 1947), en un clima de tolerancia tras la derrota del fascismo a nivel internacional y un momento de optimismo y concordia iniciado por el gobierno del Frente Democrático Nacional (1945-1948) de José Luis Bustamente y Rivero. Continuó su formación en el Colegio de México (1948-50) bajo la dirección de José Gaos. Se graduó de bachiller en Humanidades con la tesis: El saber la naturaleza y Dios en el pensamiento de Hipólito Unánue. Al año siguiente es becado a Francia para estudiar en la École Normale Supérieur, un año más tarde se traslada a la Universidad de Munich, para conocer el pensamiento alemán de la post-guerra. Tras este periplo académico, concluyó su reflexión para presentar su tesis de doctor, intitulada Ensayo sobre la distensión entre el ser irreal y el ser real (1953).
Vivió el proceso de modernización de la sociedad, la migración rural, la caducidad de la oligarquía agraria y el despertar de una nueva reflexión política. Formó parte de una generación que se desengañaba del aprismo y desconfiaba del marxismo dogmático.
No buscaba crear una nueva doctrina, sino la actualización de los postulados renovadores, ante una colectividad distinta a la de los años treinta del siglo XX. Es el asomo del pensamiento desarrollista, creado no en la confrontación apasionada sino en la reflexión crítica, no en la plaza pública sino en el campus universitario. No buscó adeptos, organiza a los intelectuales; no reunió militantes, convocó técnicos para formar el movimiento político más programático, después de los forjados en la reflexión de Haya de la Torre y Mariátegui.
Fue uno de los promotores de un nuevo movimiento político: el Social Progresismo, cuyos postulados buscaban democratizar al Estado y modernizar la sociedad, que empezaba su convulso proceso de urbanización a mediados de los años cincuenta.
El Social Progresismo hizo suyo el documento: “Bases para un socialismo humanista peruano” (1961), manifiesto de una nueva élite política, que desde el conocimiento de los sistemas filosóficos, buscaba refutar la pétrea ortodoxia de la izquierda tradicional; Salazar Bondy está más cerca de Erich Fromm que de Stalin, más cerca a Bertrand Russell que de Mao. Los catequizadores del marxismo lo llamarían decimonónicamente “reformista”, sus denostadores contemporáneos lo ubicarían en la “nueva izquierda”, más europea que asiática, más académica que activista. Llegó a admirar el valor intelectual de Sartre, su insobornable rebeldía, su mortificante sinceridad.
La obra madura de Salazar Bondy comienza hacia 1965, al buscar integrar tres tendencias filosóficas de nuestro tiempo: la fenomenología, la filosofía analítica y el marxismo. Sucedió así con Kant en el siglo XVIII, quien intentó sintetizar las dos corrientes antagónicas de su época, el racionalismo dogmático y el empirismo escéptico, en una filosofía trascendental.
Su proyecto humanista tuvo repercusión durante el gobierno del general Juan Velasco Alvarado (1968-1975), con quien no ocultó coincidencias, refutando a sus críticos liberales afirmó que “el gobierno no se legitima por su origen sino por su ejercicio”. Para él todo pensamiento político tiene validez en la medida que se expresa en actos, por ello no negó su concurso al concebir el más audaz proyecto educativo (1972), que rechazaba la cultura de la dominación y la dependencia, cuya expresión ideológica era la alienación del conjunto de la sociedad peruana. La experiencia fue corta, controvertida, aplaudida y detestada, empero, hasta hoy día no superada.
Pensamiento integral, que sustentándose en la educación removía toda la estructura social desde la pedagogía hasta la política exterior con sus propuestas aurorales sobre el no alineamiento internacional. Hasta el final de su vida tuvo como sus dos fuentes para su praxis política a Emmanuel Kant (ideal de sociedad racional) y a Jean Paul Sartre (el horizonte de la libertad).